クロマチン免疫沈降 (ChIP) は、クロマチン上のタンパク質とDNAの相互作用を特定し解析する手法です。ChIP実験では、Inputサンプルのクロマチンを断片化し、ChIP-qPCRやChIP-seqなどので解析します。
クロマチン断片化は、ChIPプロトコールの重要なプロセスであり、ChIP実験の結果を大きく左右します。クロマチンの断片化にはソニケーション法と酵素消化法があります。それでは、どちらの手法がご自身の実験に適しているでしょうか？これには多くの要素が絡み合い、判断が難しいことが少なくありません。では、整理して考えてみましょう！
このビデオでは、4つの質問を通じて、皆様の実験のニーズに適したプロトコールと、理想的なCSTのChIPキットを見つけるお手伝いをします。質問1：解析するサンプルは何ですか？細胞ですか？組織ですか？質問2：免疫沈降の標的はどんなタンパク質ですか？DNAとの結合の強さはヒストン、転写因子、コファクターでそれぞれに異なり、これがChIP効率に影響します。
質問3：サンプル中に含まれる標的タンパク質の量は多いですか？少ないですか？質問4：どちらの断片化手法がお好みですか？多くの場合はソニケーション法、酵素消化法のどちらも利用できます。一方、断片化に用いる手法が、他方より好ましい場合もあるのでその例も紹介します。