CSTブログ: Lab Expectations

Cell Signaling Technology (CST) の公式ブログでは、実験中に起こると予測される事象や実験のヒント、コツ、情報などを紹介します。

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クロマチン免疫沈降 (ChIP) は、クロマチン上のタンパク質とDNAの相互作用を特定し解析する手法です。ChIP実験では、Inputサンプルのクロマチンを断片化し、ChIP-qPCRやChIP-seqなどので解析します。

クロマチン断片化は、ChIPプロトコールの重要なプロセスであり、ChIP実験の結果を大きく左右します。クロマチンの断片化にはソニケーション法と酵素消化法があります。それでは、どちらの手法がご自身の実験に適しているでしょうか?これには多くの要素が絡み合い、判断が難しいことが少なくありません。では、整理して考えてみましょう!

このビデオでは、4つの質問を通じて、皆様の実験のニーズに適したプロトコールと、理想的なCSTのChIPキットを見つけるお手伝いをします。質問1:解析するサンプルは何ですか?細胞ですか?組織ですか?質問2:免疫沈降の標的はどんなタンパク質ですか?DNAとの結合の強さはヒストン、転写因子、コファクターでそれぞれに異なり、これがChIP効率に影響します。

質問3:サンプル中に含まれる標的タンパク質の量は多いですか?少ないですか?質問4:どちらの断片化手法がお好みですか?多くの場合はソニケーション法、酵素消化法のどちらも利用できます。一方、断片化に用いる手法が、他方より好ましい場合もあるのでその例も紹介します。

 

クロマチンの断片化について詳しく知りたい方はこちら

Chris Sumner
Chris Sumner
Chris SumnerはLab Expectationsの主任編集者でした。疾患治療についての読み書きをしていないときは、森の中をハイキングしたり、ギターを弾いたり、世界で一番のロブスター・ロールを探したりしています。

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