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BioPlex：数千のタンパク質の免疫精製から得られた情報を基に作成されたタンパク質相互作用ネットワーク

Steven Gygi博士
ハーバード大学メディカルスクール細胞生物学部教授

タンパク質間の相互作用は、その構造により細胞機能が定められ、その構造があらゆる生物学的的研究に影響を与えています。ハイスループットのアフィニティー精製質量分析を用いて、HEK293T細胞内にある2,594個ものヒトタンパク質の相互作用のパートナーを同定しました。その結果、得られたネットワーク (BioPlex) には、7,668のタンパク質間における23,744の相互作用が含まれており、86%は未知の相互作用でした。BioPlexは、既知の複合体を正確に把握しており、CORUM複合体の80～100%が取り込まれています。ネットワークの構造から以下の4つの主な特色が明らかになりました。1) BioPlexは、300以上のコミュニティにさらに細分化されており、機能を共有するタンパク質でまとめられた。2) Pfamドメインにより共起される2,968個の相互作用が予測された。3) 数千もの解明されていないタンパク質の局在、生物学的プロセス、分子機能などの属性が決定された。4) BioPlexにより、生物学的または臨床的な意義のある相互作用が明らかになった。BioPlexにより可能となった研究を実証するため、家族性筋萎縮性側索硬化症 (ALS) に関与する野生型および変異型VAPBの相互作用について調べました。このネットワークは、タンパク質の機能、メカニズムおよび活性に合わせてその仮説の生成と精緻化するためのフレームワークを提供します。

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